論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
根據已有研究成果及經驗，一般的基礎研究、理論研究論文引用的參考文獻數量在10篇左右，綜述性論文引用的文獻數量可以多一些，技術性、實驗性論文引用文獻相對較少。 參考文獻的選擇，應該根據文章的需要來確定，以數量最少、質量最優、作用最佳、成果最新為基本原則。
許多同學都知道論文查重系統不會對封面、目錄、標題以及參考文獻等內容進行查重，但是在前面提到的是格式正確的前提下，如果格式不正確就不會進行正常查重，如果格式不正確就會作為正文進行查重，這樣就增加了論文的查重率。 一般來說致謝是不需要查重檢測的，但具體還是要以學校為準。
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
