論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
對于論文參與查重的部分而言，基本上所有內容都要進行查重（不排除所謂的引用）。 很多學生認為，論文寫作過程中只要把從參考文獻復制粘貼的內容加上參考引用（即右上角的標記）便可以避免被查重，對于這種情況，我只能很嚴肅地說，這種所謂的方法簡直是無稽之談，沒有任何作用。
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，學術都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷學術是否成功識別了參考文獻等無需查重的內容。 那么，有人可能會說： 干脆在查重前把參考文獻部分刪除不就行了嗎？ 如果你自己掏錢購買的查重服務，確實可以考慮這么做。 但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。
