另一方面，為什么學術查重報告當中部分時期會將參考文獻標紅呢？這里有以下兩個事由，即第一個可能論文撰寫者選用不正規的的學術查重軟件對論文來查重，而這種不正規的的學術查重軟件并不正規的的學術查重，故此沒辦法識別參考文獻，出現參考文獻飄紅；二是論文的參考文獻樣式不正確，出現學術查重軟件沒辦法識別該部分參考文獻，使得將該參考文獻標紅，實際上，若該部分參考文獻樣式準確就會學術查重識別，使得是不會納入查重范疇以內。
綜上所述，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般而言只對論文的概要部分、英語概要部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不在學術查重范疇以內。所以，論文撰寫者不用緊張因要羅列很多參考文獻在論文當中。
但，唯有正規的學術才會識別參考文獻，并且其還有的一個前置性條件是參考文獻樣式準確，這也正意味著論文撰寫者務必到學術不端網的“學術查重入口”等正規的學術查重平臺來查重，且要依據規定編寫參考文獻，保障學術能夠識別。
