每個軟件的數據庫不太一樣。筆桿論文查重，我用過，也是在學校用的，還不錯，跟知網相差不大。如果學校用的是知網，最后再用跟學校一樣的知網。
筆桿論文查重跟知網查重本來就是不同的查重品牌，查重的算法跟知網不一樣，比對的數據庫也有很大不一樣，所以檢測的結果存在很大差異也是很正常的。不過paperfree查重的比對庫跟知網很接近，查重結果差距不大。。主要還是要看比對庫數據大小來定。。
不同的檢測系統數據庫不一樣，筆桿適合初中期查重，定稿檢測可以使用與學校一致的檢測系統進行檢測，筆桿網很多高校都在使用
相對來說，差距較大，原因如下：
一、數據庫不同。
（1）中國知網cnki：中國學術期刊網絡出版總庫、中國博士學位論文全文數據庫/中國優秀碩士學位論文全文數據庫、中國重要會議論文全文數據庫、中國重要報紙全文數據庫、中國專利全文數據庫、互聯網資源、英文數據庫等。部分書籍不在知網庫，檢測不出抄襲。
（2）PaperPass：由超過9000萬的學術期刊和學位論文，以及一個超過10億數量的互聯網網頁數據庫組成。
二、知網查重規則原理比PaperPass更科學、更嚴格
對于知網檢測系統，如果連續13字符相似就會判為抄襲、重復，外加系統自動識別功能。而PaperPass則是以句子為檢測單位來檢測的。顯然知網的檢測單位比PaperPass檢測對比單位更小。
三、檢測語種不同
PaperPass是全球首個中文文獻相似度比對系統，僅檢測中文，其他語言上傳檢測后均顯示綠色（即安全）；而中國知網cnki可以檢測中文和外文。
畢業論文查重的注意事項，如下：
1、提交檢測時要注意格式。在論文查重的時候要注意格式，如果直接提交整個文檔進行檢測的話，文檔名字最好改成論文標題，并且目錄、正文的格式也須準確，不然是會影響到論文查重的。
2、注意參考閾值。在畢業論文查重時，決定論文內容是否存在抄襲，是由系統的算法和數據庫里的數據比對得出的。通常系統都會有設置一個固定的閾值，一旦高于這個閾值，那么就會被系統檢測為抄襲，如果系統判定為抄襲，肯定是會被檢測出來的，所以在參考文獻引用時一定不能超過這個閾值。
3、不要合篇進行檢測。合篇檢測非常容易導致檢測錯誤，可能第一次檢測沒重復的地方，在第二次檢測的時候卻被標為重復，這在總字數發生改變的情況下會出現問題。
