另，為什么學術查重報告文檔中一些階段會將參考文獻標紅呢？這有以下兩類事由，即一是有可能畢業論文作者選用非正規的學術查重軟件對論文來查重，而這些非正規的學術查重軟件并非正規的學術查重，因而不能識別參考文獻，出現參考文獻飄紅；二是畢業論文的參考文獻格式不正確，出現學術查重軟件不能識別該部分參考文獻，使得將該參考文獻標紅，實際上，若該部分參考文獻格式正確就會學術查重識別，使得不會納入查重涉及范圍是左右。
綜上所述，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般而言只對畢業論文的提要部分、英語提要部分、正文部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不會在學術查重涉及范圍是左右。于是，畢業論文作者不用擔心因需要羅列很多參考文獻在畢業論文中。但是，唯一僅有合規的學術才能識別參考文獻，而且其有的一個前置性情況是參考文獻格式正確，這也正表示畢業論文作者必定到學術不端網的“學術查重入口”等合規的學術查重平臺來查重，且要按照規定編寫參考文獻，保障學術可以識別。
