學術查重報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分。 因此，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被學術查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。 所以，格式正確就不算，否則就算。 引用只是少量的使用其他文獻中的觀點和論據，切莫大段落的引用，否則就是抄襲。 論文內容中間引用文獻，需要標記引用符號。 因為忘記或者是懶得標記，又或者是標記符號用錯了，導致文段被標紅的情況每年都有發生，而且還不少。 引用的文字部分最后使用句號。 引用的內容通常會在雙引號“”之間，雙引號完成后使用句號結尾，這是正確的引用方式，如果在雙引號“”中間的部分使用句號，那么句號后面的文字就會被認定為抄襲了。
學術查重，是以“連續13個字重復”做為識別標準。 如果找不到連續13個字與別人的文章相同，就檢測不到重復。 （3）
雖然學術查重系統對比其他系統已經非常之好了，但仍有可能發生。 所幸的是，幾乎所有的評審機構對于重復率要求都是留有余量的。 所以再次聲明，重復率余量不是默認可以抄襲的量，是留給引用和檢測偏差的。
封面、摘要、緒論、第一章、第二章、等等這樣一系列的都會各自分成一個片段來檢測，每一個片段都計算出一個相似度，再通過這樣每章的相似度來計算出整篇論文的總重復率。 當學術查重系統識別到你論文中有某句話涉嫌抄襲的時候，它就會對這句話的前面后面部分都重點進行模糊識別，這個時候判斷標準就變得更嚴格，僅僅加一些副詞或虛詞 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此類詞語）是能夠識別出來的。 在學術查重進行中，檢測系統只能識別文字部分，論文中的圖片、word域代碼、mathtype編輯的公式、是不檢測的，因為檢測系統尚無法識別這些復雜的內容格式。
